История создания Казахского научно-исследовательского и проектного института и его построение началась 7 сентября 1931 года, тогда Совет Народных Комиссаров Казахской Автономной Советской Социалистической Республики (КАССР) принял постановление № 46 об организации первого института именно этого профиля – Научно-исследовательского института строительных материалов и учреждений. (НИИСМиС).

В результате ряда преобразований подразделений строительного и радиотехнического направлений НИИСМиС в 1957 году попало в состав Казахского филиала АСиА СССР. В связи с ликвидацией АСиА СССР в 1964 году они были переданы Казпромстройпроекту, который был переименован на Казпромстройпроект Госстроя СССР и научную часть института возглавил академик Т.Ж.Жунусов.

А в январе 1990 года на базе научной части Казахского государственного проектного и научно-исследовательского института (КазпромстройНИИ проект) был создан Казахский научно-исследовательский и проектно-экспериментальный институт сейсмостойкого строительства и строительства (КазНИИССА).

В последующем институт стал республиканским государственным предприятием (РГП).

Начиная с 23 февраля 1990 г. КазНИИССА является регистратором в республике головной государственной научно-исследовательской и проектной организации по проблемам строительного комплекса Казахстана, включая районы с особыми структурами инженерно-геологическими условиями и регионами, переменными землетрясениями.

Первым директором КазНИИССА стал инженер-строитель, технические науки, профессор, академик доктор Жунусов Толеубай Жунусович.

В соответствии с Постановлением решений Республики Казахстан №922 от 30 июля 2012 года и приказом Комитета по приватизации и приватизации Министерства финансов РК, РГП «Казахский научно-исследовательский и проектно-экспериментальный институт сейсмостойкого строительства и построения» (РГПНИИССА) реорганизовано в Акционерное общество « Казахский научно-исследовательский и проектный институт строительства и архитектуры» (далее, – АО «КазНИИСА»).